A l'origine, les Sciences naturelles désignaient l'étude et la description des aspects physiques du monde.

Aujourd'hui, elles sont plus généralement comprises comme « l'ensemble formé par les "sciences de la vie" et celles de l'écosystème ayant permis l'éclosion de la vie. »
(D. Andler, A. Fagot-Largeault, B. Saint-Sernin, Philosophie des sciences, t. 1)

Elles regroupent les disciplines scientifiques telles que la biologie, la chimie, la physique, l'astrophysique, les Sciences de la Terre (Géosciences) dans la mesure où leur champ de recherches et d'applications porte sur la structure du vivant à un niveau fondamental.

Ces sciences partagent en effet la tentative de vouloir recenser, de décrire et d'expliquer
le « système » du monde à travers ses processus considérés comme naturels.

A un niveau primordial du vivant, les Sciences naturelles se confrontent à la notion de séparation au sens où cette notion apparaît essentielle pour comprendre l'origine de la Vie en sa dimension bio-chimique et astro-physique.

En outre, cette séparation, interprétée sous l'angle de la recherche en épistémologie, donne également à penser les limites de ces sciences, car il n'est pas certain que l'intelligence humaine soit en mesure de comprendre et d'expliquer en sa totalité la Nature.

Selon l'astrophysicien Trinh Xuan Thuan :

« La mélodie que forment les notes de musique que nous envoie la Nature restera à jamais secrète. » (La mélodie secrète)